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La Fédération Régionale des Chasseurs de Franche Comté réalise un atlas de différentes espèces de Franche Comté en collaboration avec l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage.
- Alouette des champs
- Bécasse des bois
- Bécassine des marais
- Bécassine sourde
- Belette
- Blaireau
- Caille des blés
- Canard Colvert
- Castor
- Cerf élaphe
- Chamois
- Chat sauvage
- Chevreuil
- Chien viverrin
- Corbeau freux
- Corneille noire
- Lapin de garenne
- Lièvre commun
- Loup
- Lynx
- Martre
- Pie bavarde
- Pigeon ramier
- Putois
- Ragondin
- Rat musqué
- Raton laveur
- Renard roux
- Sanglier
- Sarcelle d’hiver
- Vanneau huppé
- Courlis cendré
- Courlis corlieu
- Fouine
- Foulque macroule
- Fuligule milouin
- Fuligule morillon
- Geai des chênes
- Gélinotte
- Grand tétras
- Grive draine
- Grive litorne
- Grive mauvis
- Grive musicienne
- Hermine
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